内蒙古自治区小黑河地区人民检察院1988年经内蒙古自治区七届人大常委会第二次会议决定设立、1992年经最高人民检察院批准同意设立。1992年，自治区机构编制委员会对我院内设机构及人员编制作出批复，同年我院正式挂牌办公。我院是内蒙古自治区人民检察院的派出机构，盟市（分）院级建制。主要承担对呼和浩特第一监狱、呼和浩特第二监狱、呼和浩特第四监狱、内蒙古第一女子监狱、呼和浩特高度戒备监狱、包头监狱、内蒙古未成年犯管教所、内蒙古监狱管理局第一病犯管理所等8个监管改造场所的刑罚执行和监管活动法律监督职责。本院党组统一领导全院工作。本院检委会是我院的业务决策机构，讨论决定重大案件和其他重大问题。本院设有七个职能部门，依次是办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、司法警察支队。